Mniej więcej podobne warunki panowały na terenach pozostających pod okupacją sowiecką, obejmującą: Wilno, Polesie, Białystok, Wołyń, Tarnopol, Lwów i Stanisławów. Mimo że chodziło również o inkorporację, proces ten przebiegał zupełnie inaczej niż pod okupacją niemiecką. Zamiast brutalnego nazistowskiego dekretu o inkorporacji, ogłoszono przeprowadzenie wyborów 22 października 1939 roku. Tego dnia mieszkańcy tych ziem sterroryzowani przez NKWD "wybrali" 2410 delegatów wskazanych przez NKWD i pochodzących w większości spośród nowo przybyłych, nikomu nieznanych Rosjan. Wybrani delegaci pojechali do Moskwy, aby prosić Radę Najwyższą o przyłączenie "wyzwolonej" wschodniej Polski do Związku Sowieckiego. Rada Najwyższa łaskawie przyjęła ich prośbę i dekretem z 1 i 2 listopada 1939 roku, północne województwa włączono do Białoruskiej Socjalistycznej Republiki Ludowej, a południowe do Ukraińskiej. Rezultat był taki sam jak na ziemiach zachodnich, lecz sposób wykonania pozwalał Sowietom na obronę przed oskarżeniem o użycie siły i gwałtu, powołując się na "spontaniczną wolę ludu". Ukoronowaniem tej bezprawnej procedury był dekret z 29 listopada 1939 roku, który “nadawał” obywatelstwo sowieckie wszystkim mieszkańcom okupowanych ziem. W konsekwencji, wszyscy młodzi mężczyźni podlegali służbie wojskowej w sowieckiej armii.

Powodzenie "reform ekonomicznych" dało podobne rezultaty, jak te, które osiągnęła policja faszystowska na ziemiach zachodnich: ludność polska znalazła się w stanie skrajnego ubóstwa. Sowieci przejęli nie tylko przedwojenną własność państwową, ale także budynki prywatne, fabryki, cukrownie, destylarnie, młyny i inne przedsiębiorstwa przemysłowe, banki i kasy oszczędnościowe. Wszystko stopniowo zaczęto wywozić do Związku Sowieckiego. Zamknięto wiele fabryk, pojawiło się bezrobocie. Złotówka wyszła z obiegu, zablokowano wszystkie konta bankowe i oszczędnościowe. Bezlitosne rekwirowanie przez Armię sowiecką wszystkiego, oraz szaleńcze wykupywanie ze sklepów wszelkich towarów przez sprowadzonych ze Związku Sowieckiego robotników cywilnych i wojskowych, spowodowało taki brak towarów na rynku, że nie można było kupić nawet soli czy zapałek. Zapanowało skrajne ubóstwo.

Również na ziemiach wschodnich ślady polskości zostały skazane na zniszczenie. Jako język urzędowy wprowadzono białoruski i ukraiński, lecz faktycznie oznaczało to język rosyjski. zamknięto tysiące kościołów, klasztorów i zakonów, a budynki do nich należące przeznaczono na inne cele. Podobnie jak na zachodzie, niszczono przydrożne kapliczki, a krzyże palono.

Największego jednak podobieństwa między obydwoma najeźdźcami można się dopatrzyć w polityce deportacyjnej. Niemcy wywieźli do Generalnej Guberni ponad 2 miliony ludzi. Z ziem wschodnich Rosjanie wywieźli, głównie do Azji, około 1700 000 ludzi. Zarówno niemieckie, jak i sowieckie działania miały na celu tylko jedno: oczyścić okupowane ziemie ze wszystkich polskich elementów. Oba były przeprowadzane z równa bezwzględnością. Mężczyźni, kobiety i dzieci były bez ostrzeżenia zmuszane do opuszczenia swych domów, a wolno im było zabrać ze sobą tylko to, co konieczne.

Najeźdźcy różnili się jedynie w dziedzinie edukacji. Niemcy zamknęli wszystkie szkoły średnie i wyższe, a w szkołach podstawowych wolno było uczyć niemieckiego i arytmetyki. Rosjanie zachowali przedwojenną strukturę systemu edukacji, lecz wprowadzili nowe programy, według sowieckich wzorców oraz uwzględnili różnice narodowościowe. Nauka języka rosyjskiego była obowiązkowa, podobnie jak historia (w wersji sowieckiej) i przedmioty wymagane w szkołach sowieckich, takie jak indoktrynacja polityczno-ideologiczna. Szkoły podzielono na ukraińskie, białoruskie, żydowskie i polskie. W tych ostatnich dopuszczano język polski. Celem takiego systemu edukacji, popieranego przez nurt propagandy radiowej i filmowej, była indoktrynacja młodych ze wszystkich czterech grup narodowościowych, zgodnie z ideologią komunistyczną.

Politykę terroru wprowadzono natychmiast po zajęciu ziem wschodnich przez armię sowiecką. Setki księży i zakonników, sędziów, prokuratorów, oficerów policji, przywódców politycznych i społecznych, deputowanych i senatorów, urzędników rządowych i władz lokalnych zamordowano na miejscu. Rzeź osiągnęła swój szczyt po wybuchu wojny sowiecko-niemieckiej 21 czerwca 1941 roku, kiedy to wymordowano wszystkich więźniów politycznych. Całkowite straty poniesione przez Polskę w wyniku takiej polityki szacuje się na blisko 100 000 ludzi. Liczba ta obejmuje 15 000 oficerów wojskowych (w większości z rezerwy, tj. ludzi, którzy w cywilu tworzyli kręgosłup naukowy i intelektualny Polski), których internowano w Związku Sowieckim po 17 września 1939 i zamordowano wiosną 1940. Masowy grób tych oficerów odkryli Niemcy w 1941 w Lesie Katyńskim niedaleko Smoleńska. Znaleziono w nim 4253 ciała.

Mimo różnych metod kontroli, rezultat był taki sam. Niemcy prowadzili jawną, niemal fizyczną kontrolę nad prawie każdym Polakiem. Sowieci tolerowali możliwość swobodnego poruszania się, prowadząc równie ostrą kontrolę w mniej jawny sposób, głównie przy pomocy miejscowych komunistów znających teren oraz licznej grupie nowo zwerbowanych informatorów. Na ziemiach zachodnich różnice narodowościowe tworzyły przepaść między okupantem i okupowanymi i utrudniały prowadzenie kontroli. Na ziemiach wschodnich nadzorowanie było ułatwione przez fakt, że - z wyjątkiem NKWD - zarówno kontrolowani jak i kontrolujący należeli do jednej z czterech grup narodowościowych. Tworząc sieć nadzoru, NKWD wykorzystywała antagonizmy narodowościowe, podżegając mniejszości narodowe przeciw Polakom. Ten schemat zaowocował podwójną siecią i dlatego umożliwiał efektywniejsza kontrolę.